这里的 be 不是系动词，所以后面不需要表语。这里的 be 其实是不及物动词，表示“存在”“生存”。相信你一定知道下面这两句：

I think, therefore I am. 我思故我在。

To be, or not to be: that is the question. 生存还是毁灭，这是一个问题。（出自莎士比亚的《哈姆雷特》）

你的句子中的 be 就是类似上面两句的用法：we want to understand how it came to be 的意思是：我们想知道生命是如何形成的。

一般稍大的英语词典都有这类用法的。

比如下面的截图摘自《韦氏高阶英汉双解词典》：