由于上面的句子缺少必要的上下文，这个 her 到底是指谁并不十分明确。不过，仅就给出的这个句子来看，这个 her 可理解为指代“母亲”。句子说的是，在她母亲去世后，是由她父亲照顾她和她的妹妹，送她们上完中学，再上完大学。按一般的常识，照顾（look after）孩子多半是母亲做的事，现在母亲不在了，由父亲来承担这些事，可以视为是父亲“代母亲”(for her)完成这些事。

And after her mother's death, it was her father who looked after her and her younger sister, and had seen them through school, and then ( had seen them through省略) college for her (mother省略).

备注(1) :It was ...who为强调句型，强调句子主语(her father)。

备注(2):蓝色字体为省略部分，即省略前面出现过的内容。

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个人理解，仅供参考。