我谈一下我的理解：

这是作者描述过去发生的事，犹如讲故事，第一段的he, 不是指Rudolf， 而是the old man, his mother, 也是指the old man's mother. 所以his mother had taught him to read the Bible, 过去完成表示过去的过去。这有什么难理解呢？你是不是把he 和his 理解为指Rudolf 了？

As a musician, Rudolf had not had time to read much either —but then, he had lived in cities. 这里相对故事所发生的时间也是更早的过去，所以用了had not had. 后面的had lived in cities 指的他过去住过不同的城市。

我们假设故事叙述的是2000年发生的事（过去），那么这里的过去完成时指的是2000年以前发生的事。以第一段这句为例： His mother — the only woman he had ever known — had taught him to read the Bible, and he read it daily. He had no other books. had taught 指过去的过去。后面作者又用了一般过去时he read it daily. He had no books. 指的是后来也这样，即故事发生的2000年也是如此。

我不知道每个人的阅读习惯是否一样，我在读书时，读完一句话犹如看电影的感觉进入场景，脑子里浮现当时的画面，而且这个画面也要随时态的变化而变化，你不能固定在一个时间点。否则，说明你实际上对英语的时态变化不够敏感。

个人见解，不一定对，仅供参考。