句意：她学习驾驶一架有两对机翼的飞机，一对机翼在另一对机翼之上。你理解的没错，one over the other是“代词+介词短语”构成的独立主格结构，在句中作补充说明。以下两句也都是独立主格结构作状语（代词+分词短语），作补充说明：

All the stones are very heavy, one of them weighing over 3 tons. 所有的石头都很重，其中有一块重达三吨多。

It’s so wet there that the trees are extremely tall, some measuring over 90 meters. 那儿湿度很大，所以树都长得特别高，一些高达90多米。