你理解的没错,it就是指代后面的when you do that。句意:我无法忍受你那样做。
从意义上看,这里的stand“忍受”是及物动词,it是虚拟宾语,指代when引导的从句所表述的内容。众所周知,及物动词必须接宾语,但状语从句不能用作宾语,因此用虚指的it占据宾语的位置。这样一来,when引导的从句在形式上是状语,而在语义上却变成宾语了。又如:
I can't stand it when people behave like that! 我受不了人们的那种行为。《韦氏高阶英汉双解词典》
I don't like it when you get angry. 我不喜欢你生气。《朗文当代英语词典》
I would prefer it if you didn't smoke in here. 我希望你不要在这里抽烟。《麦克米兰英语词典》
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