【1】Make a mark where you have questions(地点状语从句)
=Make a mark in the place where you have questions.
参考译文:在你有问题的地方作一个记号/标记。
【2】Make a mark in which you have questions(限制性定语从句)
=Make a mark where you have questions.
参考译文:作一个记号/标志,在这个记号/标志里你有问题。
总结:根据语言逻辑和表达习惯,按照地点状语从句理解更加合理通顺。所以,虽然in which在语法上OK,但是where在语法上逻辑上更加合理通顺,所以选B为最佳答案。