本句中in=at the end of (a period of time) 即这段时间结束的时候，通常翻译为这段时间后。如果谓语动词为短暂动词，则表示该短暂动作在这段时间后发生。如果谓语动词为静态动词，则表示该静态动词表示的状态在这段时间后开始存在。

I'll be there in a minute.

The movie is coming out in a few months.

He got his degree in only three years.

你的这个句子的意思是：感染新冠病毒后，患者通常会在五天后开始发烧（即从感染病毒到出现症状，通常有5天的潜伏期）。