就网友的句子来说，你的两种改写方式都是可以接受的。

正：When you take notes, just write down the key words, such as names, dates, and numbers.

正：When you are taking notes, just write down the key words, such as names, dates, and numbers.

至于 when doing sth 变成从句时如何确定从句的时态：在通常情况下，网友提到的两种方式都可以。又如：

Don’t talk when eating. =Don’t take when you are eating. 吃饭时不要讲话。

When taking photographs indoors (=When you take / are taking photographs indoors), use a flash for illumination. (D127) 在室内拍照时，使用闪光灯照明。

但在某些特定语境中，可以有用其中的一种方式比用另一种方式更合适。比如下面的句子就宜用一般时态（而不是进行时态）：

When hunting (=when you hunt) ducks he always uses a call. 他猎鸭子时总用哨子。

When approving (=When they approve) a merger, the commission can attach conditions. 委员会在批准公司合并的时候可以附加条件。