I know where there used to be a river here.

此句正确，没有错误。where there used to be a river here 是宾语从句，where 表示“小地点”，here 指“大地点”（较大范围）。here 和 where 的关系是；大地点包含小地点。比如：在山前这个地方曾经有一条小河。山前相当于 here，而 where 指具体位置。

我认为刘老师的分析没有错！这里Where还是作为融合型关系副词引导名词性关系从句, I know where there used to be a river here.=I know the (exact) location where there sued to be a river here.融合型关系副词where=place where...，你可以说后面的WHERE在后面的名词性分句中作状语。   

这里的where = that,连词引导宾从，这是一种不规范的用法，不要模仿。