我用最简单的方式回答你的问题。
关系词引导定语从句，或者疑问词引导疑问句，关系词或疑问词都是需要前置的，即引导定语从句或疑问句。如果该定语从句或疑问句本身是个简单分句，前置的关系词或疑问词就是这个简单分句中的分句成分。例如：
This is the book that I bought yesterday.
that I bought yesterday本身是个简单分句，关系代词在分句中作宾语。
Who is he?
这个问句本身是简单句，疑问代词who在该句中作表语。
但是，有时候定语从句或疑问句本身就是一个含有宾语从句的主从复合句，关系词或疑问词并不是其中主句的成分，而是其中宾语从句的成分。这时，关系词或疑问词要引导定语从句或疑问句，就必须越过其主句的主语和谓语动词而在主句的主语，从而引导这个定语从句或疑问句。结果其本身的主句就夹在了关系词或疑问词与宾语从句之间。看上去像是在定语从句或疑问句中镶嵌了一个主语+谓语动词。例如：
This is a book. I think the book is the best. 你应该注意到第二句的主句是I think，后面是宾语从句。现在我把这二个句子合并成一个句子：
This is the book that I think is the best.
这就是嵌入式定语从句。其中 I think是定语从句中的主句，that is the best 是定语从句中的宾语从句。that要引导定语从句，所以移到定语从句之首。
I think Tom broke the window.
在这个陈述句中，Tom是宾语从句的主语。现在我们要就Tom提问，把这个句子改为特殊疑问句。疑问词必须前置，引导疑问句，所以Tom 移到了句首。疑问词的前置必然导致部分倒装，所以需要助动词do构成倒装句：
Who do you think broke the window?
这就是嵌入式特殊疑问句。疑问词who是宾语从句的主语。
你了解了这二个嵌入式分句，嵌入式名词性关系分句的what改为the thing which, 再从which开始就是嵌入式定语从句了。
嵌入式特殊疑问句和嵌入式名词性疑问分句的唯一不同就是疑问句不再倒装，其它理解是一样的。我想就不需要我再啰嗦了。
为什么这种定语从句或疑问句要叫做“嵌入式”呢？这是从英语embedded翻译而来的。
但是夸克和《剑桥英语语法》对哪个分句是“嵌入”的，理解不同。夸克认为 I think 这个主句嵌入到定语从句或疑问句中了。而《剑桥英语语法》则认为关系词或疑问词所做成分的那个宾语从句嵌入到 I think这个主句中。
我个人认为夸克的说法只是表面形式，容易导致英语学习者误以为 I think 这个主句是插入语。而《剑桥英语语法》的说明才是这种从句的本质，即关系词或疑问词不是 I think 这个主句的成分，而是主句的嵌入分句（即宾语从句的成分）。宾语从句在主句中作了宾语，是主句的一个成分，不能说主句嵌入到从句中，而应该认为从句嵌入到主句中，这才是正确的理解。
所以，在 This is the book that I think is the best. 和 Who do you think broke the window? 这二个嵌入式定语从句或疑问句中，嵌入分句（embedded clause）分别是 that is the best 和 who broke the window, 而不是 I think 或 you think. 它们是定语从句或疑问句中的主句，不是嵌入分句。