The conventional theory is that people yawn when bored or sleepy because yawning raises blood oxygen levels, which in turn raises alertness.

in turn 没有否定意义。它表示事件的顺序，意思是“依次，继而”。除此之外，它有一个更重要的用法，就是“转而；反过来”。例如：A 产生于 B，但反过来又影响 B。或多或少带有“因果报应” 的含义。

网友的句子是说：人在无聊或困倦时就会打哈欠，打哈欠反过来会提高人的意识力，因为打哈欠会增加血液中的氧含量。

又如：

Theory originates from practice and in turn serves practice. 

理论来源于实践，反过来又为实践服务。

in turn 指的是次序排列，这里就是前面动作的后续动作，相当于，接下来，紧接着这样的意思。