The cat's eyes were jewels, gleaming out of the darkness.

1. out of 跟“静态动词” 连用，表示静态的地点方位，意为“离开，在……之外”：

Fish can not live out of water．鱼离开了水就不能活。

但本句的 gleaming 貌似“静态动词”，其实表达“动态含义”。按动态动词处理。见下面：

2. out of 表示动态的地点方向，意为“从……出来”：

A smelly gas came out of the cracks. 一种带有臭味的气体从裂缝中冒了出来。

Mice ran out of the fields looking for places to hide. 老鼠从地里跑出来寻找地方藏身。

3. 所以，可以这样翻译：

“猫的眼睛似宝石，从黑暗中发出耀眼的光芒。”

4. out of 用于有体积或空间的物体、物品，如：out of the box, out of the room。而 from 用于具体的方位和点位。茫茫黑夜犹如巨大的黑洞，更是看不见、摸不着的“空间”，故用 out of ，不用 from。