实际上，这个句子还缺少一个逗号，改为：

Despite this characteristic, the most common drawback for any PD controller,  with unknown dynamics or even with unmodeled dynamics,  is the error signal differentiation. 

with 短语前后都要加逗号，一个是不行的。这样可以凸显主语和谓语（主系表）：the most common drawback is the error signal differentiation. 

这样，整个划线的 with 短语作 drawback 的非限制性定语，表示“原因”。