There are only ten apples left in the baskets, not to count the spoilt ones.

动词不定式可以表示条件。条件状语的本质，实际是对将来事件的一种假设，指将来可能发生的事情。用于不定式可以表示将来动作，所以使用不定式表示条件合乎情理；而现在分词表示跟句子谓语动词的动作或状态，同时发生，所以，不能使用现在分词（包括一般体，完成体更是错误）。本句，不定式的逻辑主语其实是“人”，跟句子的主语不同。not to count 属于语法允许的“垂悬不定式” 用法。

原句等于：

There are only ten apples left in the baskets, if you do not count the spoilt ones.

如果不算上坏的苹果，篮子里就只剩下十个苹果了。

我觉得这个句子应该用not counting...

分词也好，不定式也好，其逻辑主语为说话人。这是说话人对句子的解释，属于评注性状语（非谓语动词作评注性状语，其逻辑主语为说话人，而不是句子的主语）。说话人数苹果是说话之前刚刚结束的动作，即数苹果的动作的结束点就是说这句话的开始点，分词动作与句子谓语有点时间上的同时性，所以用现在分词作评注性状语。其逻辑是我没有数坏苹果，而不是我将不数坏苹果。所以不应该用不定式。

There are only ten apples left in the baskets, not counting the spoilt ones.

There might be only ten apples left in the baskets, not to count the spoilt ones.