既然你对B1无疑问，我只回答B2.

A2: Who parked the car there last night?

B2: It could be Tom. 

B2的回答实际是省略了that/who从句的it 分裂句（强调句型）。等于：

It could be Tom who/that parked the car there last night.

当我们用It was Tom...时，我们强调的是一个事实（说话人自认为自己了解事实真相）。当我们并不了解事实真相，而是表示理论上存在某种可能性时，我们就可以用表示can的过去式could表示过去存在的理论上的可能性。注意could的这种用法不属于推测。

顺便说一下，B1中的could have been则是could表示推测，对过去的推测要用could have done形式。