你的问题较多，牵涉一些不同的概念，所以，你最好逐个理清概念，一次解决一个问题，中途不要换其他问题。就你现在提问的这个句子，我们可以做如下讨论。

Tom is a boy who broke the window.

Tom is the boy who broke the window.

这是主系表结构的句子。英语有二种不同性质的表语：归属性表语（ascribing predictive)和确认性表语（specifying predictive）的概念。

归属性表语解释主语的性质、特征、状态、身份、职业、素养等。This type of predicative ascribes a property, characteristic, state, profession, occupation, nationality etc. to the subject.

这类表语由形容词或名词充当，名词通常为泛指的。表语不可和主语的作用互换。如：

He is tall. 不能说Tall is he.

He is a student. 不能说A student is he.

确认性表语说明主语是谁，是具体哪个人或事物。因此在语义上主语和表语为同一个人或同一个事物。This type of predicative specifies the identity of the subject. 

这种表语通常为特指名词（但不排除泛指名词）。主语和表语的作用可以互换。

He is Tom. Tom is he.

This is what you need. What you need is this. 

我们再复习一下限制性定语从句和非限制性定语从句的区别。

限制性定语从句限制先行词的所指范围，使其明确、具体。缺少了定语，则名词的所指不清，或句子的意义不完整，或句子逻辑混乱，或句子没有意义，或句子的意义发生改变。因此限制性定语是使名词所指明确而有意义所必不可少的、不可省略的定语。例如：

This is the house where Luxun lived for 10 years.如果没有这个定语从句，只说This is the house. 定冠词表示特指，即听话人应该明白是哪个房子。但实际听话人并不知道你在说哪个房子，于是听话人会皱起眉头，不知所云。当你加上这个定语从句之后，听话人就明白原来你在说鲁迅住过10年的那个房子。这就是限制性定语从句，起限制/明确先行词所指范围的作用。限制性定语从句和先行词为同一个意群和语调群，在说话的时候，要一气呵成，先行词和定语从句之间不可停顿。这就是为什么限制性定语从句前不可以有逗号的原因。

He is a man who always keeps his words.

如果没有这个定语从句，He is a man. 他是个男人/他是个男子汉。加上定语从句，man的所指（reference）发生了改变，男人/男子汉 —— 一个从不食言的人。

由此可知，限制性定语从句修饰特指名词，这种特指为前照应特指（cataphoric definite reerence). 即定语从句的内容使得名词所指为哪个、哪些在听说双方达成共识。例如：

He is the boy. 定冠词the意味着听话人应该知道这个boy是哪个boy, 但如果在前面说话人并没有提到过一个boy, 则听话人是无法知道这个boy是哪个boy, 除非你加上一个限制性定语从句 Who broke the window, 至此听话人才能明白原来你说的是打破窗户的那个boy. 而且听话人会推理出当时打破窗户的就是这一个boy，没有共犯。如果当时打破窗户的不止一个人，该boy只是其中之一，整个句子则应该为：He is one of the boys who broke the window.(几个人都向那扇窗户扔石头）。此时限制性定语从句修饰的是复数名词the boys, 主语是这几个boys中的一个。限制性定语从句修饰特指名词，其作用是明确这个名词所属的类别中的具体哪一个或哪一些。

限制性定语名词修饰泛指名词，并不表示具体哪一个或哪一些，而是对该名词所属的类别进行再分类，分出亚类，名词所指的人或事物是亚类中某个或某些，具体哪个、哪些，听说双方并无共识。例如：He is a man. (千千万万男人中的一个）。He is a man who always keeps his words. (从不食言的人中的一个）。

非限制性定语从句与名词的所指范围无关。即使没有定语从句，主句的基本意义也是清楚的，只不过定语从句提供了补充信息，并不影响先行词的所指范围。非限制性定语从句和先行词属于不同的意群和语调群。在说话或朗读的时候，先行词后面有停顿，定语从句另起一个语调群。这就是为什么限制性定语从句前通常要用逗号。但有时候非限制性前也没有逗号，这可能是说话人语速较快，在先行词后的停顿比较短暂。将语音材料整理为文字时，就没有逗号了。因此，是否有逗号不是判断定语从句是限制性还是非限制性的可靠标准。最终的判断是看去掉这个定语从句后，先行词的所指是否明确，主句是否仍然表示相对完整的、符合逻辑的意义。如果是，定语从句就是非限制性的。如果如果去掉后句子不通或先行词所指不明确，则定语从句是限制性的。限制性定语从句通常翻译为汉语的定语。非限制性定语从句通常不能翻译为汉语的定语，而是翻译成汉语的并列分句或状语。非限制性定语从句通常不能用that，也不允许省略关系代词。

现在我们分析网友的二个句子：

Tom is a boy who broke the window.

Tom is the boy who broke the window.

先看第二句。第二句特指名词作表语，为确认性表语。说话人说这句话的目的，是要指明主语的identity, 即Tom是boy这个类别中的哪一个——打破窗户的那个boy, 而不是任何其他boy。

第一句a boy为泛指，这是归属性表语，说话人说这句话的目的是将主语归类到一个类别，即主语是某类人中的一个，以区别于其他类别。Tom is a boy. 意味着他不是a girl/old man/adult等。a boy后面的定语从句可能是限制性定语从句，也可能是非限制性定语从句没有使用逗号。

假设这是限制性定语从句，则定语从句的作用为对boy这个类别进行再分类，即a boy who broke the window. 有一类男孩，过去常常恶作剧，专门打破别人家的窗户，现在改邪归正了。Tom就是这样的男孩之一。the window只能理解为the +单数名词表示类指。如果网友认为the window不是类指，而是特指那扇窗户，Tom就是打破那扇窗户的男孩之一。那么，网友的这个句子就写错了（我相信这是网友自己写的句子），你要表达Tom是打破窗户的男孩之一，你的表语就是确认性表语，而不是归属性表语。你的句子应该是：Tom is one of the boys who broke the window. 而不是你现在的这个句子。

如果定语从句是非限制性的，则Tom is a boy, who broke the window. 主句为归属性表语，说明Tom不是成年人，只是一个孩子。定语从句提充补充信息——Tom 打破了那扇窗户。严格讲，这个定语从句并不是修饰 a boy, 而是修饰 Tom。比较：

Tom，who broke the window, is a boy.

Tom is a boy and he broke the window (yesterday). 人称代词指代的是Tom，而不是boy.

就这二个句子而言，你如果还有疑问，可以追问。如果这二个句子你清楚了。其他问题另行提问。