be式虚拟语气和祈使语气都用动词原型作谓语。二者的共同点是谓语动词表示的事件都是还没有发生的将来事件/状态。即谓语表示的都不是事实，也没有预测会成为事实的含义。因此，有人认为祈使语气是命令式虚拟语气的一个变体，属于be式虚拟语气的范畴。（维基百科有这种观点，虽然语法书没有提及这一点）。

二者的不同表现在否定形式上。be式虚拟语气直接用not否定，而祈使语气需要借助助动词do，即使动词是be也要用don't 否定。

祈使语气只能用于主句中。

be式虚拟语气则主要用于从句，主句中的be式虚拟语气都是早期英语的残留形式，语法书称为公式化或套语式虚拟语气。是固定的说法，不能改动。