If you______(can/come) with us, we would have been pleased.

答案是could have come

如果只有(come)一个词，则可以填 had come。这时，从句没有情态含义。过去的事实是你没有跟我们一起来，至于什么原因导致你没有来未提及，可能是你不愿意来，也可能是你没有时间等，这不是说话人关心的，说话人关心的是你没有来这个事实。现在假设要是当初你跟我们一起来了，与过去事实相反的假设。从句用了情态动词，则提示当时客观条件不允许你跟我们一起来，现在假设要是当时客观条件允许你跟我们一起来，这是对过去不可能实现的条件的假设。因此，二者在意义上有所不同，区别就是一个有情态含义（客观条件的允许），一个没有情态含义。

还有个疑问，以前学过“与过去事实相反的结构”是主句would/could/should/might have done, 从句had done,  可是这句话的结构为什么不是这样呢？

语法书介绍的是典型的虚拟语气形式，告诉你一个虚拟语气动词形式规律。即与现在或将来事实相反，从句用动词的过去式（如果含有情态动词，则为情态动词过去式+do)。与过去事实相反，从句用动词的过去完成体（如果含有情态动词，则为情态动词的过去式+have done).

例如，现在的事实是你不能做某事。我现在假设要是你能做某事，我会很高兴的。句子则为：If you could do it, I would be pleased. (与现在事实相反的假设）

又例如：你昨天未能做某事，我感到遗憾。现在假设要是你昨天能够做某事，我就会很高兴。句子则为：If you could have done it, I would have been pleased. (与过去事实相反的假设）