1. The question who is the boy's father is unknown.

2. The question who the boy's father is is unknown.

a. 是第二个对吗？两个is在一起可以吗？

b. 第一个who在从句中作主语不行吗？

c. who在名词性从句中作主语时为啥是疑问语序？从句不都是陈述语序吗？

回答你的问题之前，先讲一下表语的分类。表语分为归属性表语和确认性表语。前者表示主语的特征、性质、素质、职业、类别等。通常由形容词或泛指名词表示。后者确认主语是谁，即主语和表语是同一个人或事物。

Tom is tall.

Tom is a student.

以上两句为归属性表语。归属性表语不可与主语互换句法功能。如不能说：Tall is Tom.或A student is Tom. 

Tom is the boy's father. 

这是确认性表语。主语和表语可以互换功能，即表语作主语，主语作表语。因此可以说，The boy's father is Tom.

当特殊疑问句是就Tom is the boy's father中的主语提问时，问句为：

Who is the boy's father?（疑问词who是主语，句子不倒装。）

当特殊问句是就The boy's father is Tom中的表语提问时，问句为：

Who is the boy's father? (疑问词who作表语，句子倒装。）

特殊问句改为名词性从句时，去问号，去倒装：

第一个问句改成的名词从句为who is the boy's father

第二个问句改成的名词从句为who the boy's father is

因此，以上两个句子都是正确的。名词性从句中的who,一个是主语，一个是表语。