谢谢曾老师。《实用英语句型500例》 （马秉义 张鸿鸣编 电子工业出版社）p315有一类似例句，用的是 began：
Soon after she arrived, she began to work in our factory. 她来后不久就在我们厂工作了。
此句和 After I had arrived home, it began to rain. 的相似点：after 从句用的都是短暂性动词 arrive，主句都用了短暂性动词began。
而您给的例句：It rained soon after we had planted the trees. 种完树之后不久就下了一场雨.
after 从句用的不是短暂性动词，而是延续性动词 plant，与我的句子和《实用英语句型500例》是不同的。我认为 after 从句用短暂性动词时，主句也应该用短暂性动词, 如 began。这个想法我说不出依据，不一定对，请曾老师指教。

下例 after 从句就是用的短暂性动词，主句用的是持续性动词：
After you left, we all missed you. 你走了以后, 我们都很想你。（《现代汉英综合大词典》）