此句之所以用介词by，与其前的名词instruction（指令）有关，根据生物学知识，父母的特征是通过基因遗传给自己的孩子的，句中的 by which 指的是“通过这些指令”（注意which指代的先行词是instructions）。句子大意为：

Genes are the instructions by which parents’ characteristics arepassed on to their children. 基因是一系列遗传指令，父母的特征通过它们遗传给自己的子女。