▲你的两个句子都对，到底用单数还是用复数，取决于说话人是否侧其种类：

Apples and pears are fruit. 苹果和梨都是水果。

Apples and pears are fruits. 苹果和梨都是水果。

▲我手头有两个类似的句子，可以证明以上说法的正确性：

Apples and oranges are fruits. 苹果和橘子是水果。（《兰登书屋韦氏英语学习词典》）

Bananas, apples and oranges are all fruit. 香蕉、苹果和橘子都是水果。（《牛津高阶英汉双解词典》）

这两个句子结构完全相同，一个用了单数，一个用了复数。你的句子与这两个句子也高度相似。

▲补充说明：不过从个人感觉来看，这类句子以用复数为普通。但是值得说明的一点是，如果在 fruit 前面用了 kinds of, types of 等表示种类的结构，则 fruit 通常是用单数而不是复数。如：

Oranges, apples, pears and bananas are all types of fruit. 柳橙、苹果、梨和香蕉都是水果。