你的句子 eating 后面加不加宾语 it 都可以(it 指代vegetable 而非 leaves)：

Spinach is a vegetable with large dark green leaves that you chop up and boil in water before eating (it). 菠菜是一种蔬菜，叶子很大，呈深绿色，吃之前要把它切碎，用水煮熟。

有时英语的关系代词可以同时在两个结构中用作宾语，比如你的句子，关系代词 that既用作动词 chop up 和 boil 的宾语，同时也用作动名词 eating 的宾语，但动名词后面带上宾格代词也可以（即这个 it 可以省略可也可保留）。这类用法多见于定语从句连用 after / before / without 等介词后面接动名词的场合。又如：

It has a thick stem that you boil in water before eating (it). 它的茎很粗，吃之前要把它煮熟。

Pills are small solid round masses of medicine that you swallow without chewing (them). 药片是一种形状很小的圆形固体药物，不用咀嚼就可以吞下。