《牛津高阶英汉双解词典》第9版P2430：waters [plural] the water in a particular lake, river, sea or ocean （某一江、河、湖、海的）水域

the grey waters of the River Clyde  克莱德河灰蒙蒙的河水

This species is found in coastal waters around the Indian Ocean.在环印度洋沿岸的水域有这一物种。

薄冰《英语复数名词用法词典》（外语教学与研究出版社2001年8月第1版）P524：【（江河河海的）水；洪水；领海；矿泉水、香水、泪水等】须用复形，有复念，不可数。例如：

He spent the summer among the mountains and waters.他整个夏日都在山水之中度过。

Waters foam and sparkle in the river. 河水泛起白沫，闪闪发。

Never dive in strange waters. 千万不要在陌生的水域中潜水。

在成语中一般须用复形。

in deep waters在困境中(偶尔亦用单形water) 

in smooth waters  境况顺利(偶尔亦用单形water)

muddy the waters 把水搞混

fish in troubled waters混水摸鱼

pour oil upon (或on) troubled waters平息争端

Still waters run deep.静水流深(喻表面淡漠但内心情深或大智若愚)。

个人认为以上“成语中一般须用复形”中的waters意思应该是《柯林斯COBUILD英语词典》（上海外语教育出版社2000年10月第1版）P1885中所指：

3. You sometimes use waters to refer to a situation which is very complex or difficult.

The British Government may be in stormy economic waters.

同意陈老师的解答，A New English Grammar (Second Edition) 也有类似的分析：