过去分词本身就兼有被动与完成的意味。句子中用了by ... time这种经常与完成意义连用的时间状语，所以翻译成“完成”。

扩展开来，一个动词可能会包含开始、进行和结束，通过动词的形式以及上下文语境可以侧重表达某方面的含义。例如：

I will do it as soon as I come back. （侧重开始）

I am doing it now. （侧重进行）

I have already done it. （侧重结束）

I do it every day. （整体事件）

此外，done本身也可以做形容词，表示“完成的，结束的”。

by what time句子是know的宾语从句。其疑问句形式就是：By what time do you want the project to be done?

May I know by what time you want the project to be done？

我可以知道你想要那个项目什么时候完成吗？

备注(1)：被动不定式to be done作前面名词the project补足语.by what time为介词短语作宾语从句时间状语。

备注(2):want sth to be done想要某事被做。

备注(3):by what time you want the project to be done 为宾语从句作主句谓语动词know宾语成分。

备注(4):I为主句主语，may know为主句谓语动词，by what time you want the project to be done 为主句宾语。

“这里的be done为啥done是完成的意思，而不是做的意思？”

理解为“完成”还是“做”，取决于中文的说话习惯。中文习惯说项目什么时候“完成”，而不是“项目什么时候做成”。就好像eat soup，eat明明是“吃”的意思，但是翻成中文，一定是“喝汤”，而不是“吃汤”，道理一样——习惯问题或者说“受教育程度高低”问题。说“吃汤”，其实不算错，只不过会让人怀疑你的九年义务教育会不会和常人不同？^-^

“还有by what time you want the project to be done是什么从句呢？”

先疑问句还原为陈述句

May I know...? ---> I (主语） may know （谓语）......

省略号部分如果我填上单词或词组，会是什么语（成分）？--> 宾语

那省略号部分如果我写一个句子，那会是什么从句？-->宾语从句

希望能帮你理清了思路。

一家之言，仅供参考；

勤查英英，必有所获！