(1)The reasons for my resignation are twofold .(正确）

参考译文：我辞职的原因有2点。

备注：the reasons for my resignation为复数主要，所有后面谓语动词用复数are

(2)The reason for my resignation is twofold（正确）

备注：the reason for my resignation 为单数主语，所有后面谓语动词用单数is

twofold   adj.双重的;有两部分的 ;由两部分组成的；有两部分的

The problem was twofold.这个问题分两个部分。

 The case against is twofold: too risky and too expensive.  反对理由有两点：太冒险而且太昂贵。