这个问题提出已经四天了，尚无人回答。我试试根据自己的理解做一个分析，以便抛砖引玉。
其实这三个句子是同一个类型，我们只需分析其中一个句子即可。再进一步，我们其实无需分析原句，可以用更为简单明了的例子来说明这个问题。在此之前，我觉得我们需要准确认识一下it分裂句（即强调句型）。先看一个普通的句子：
Tom has bought a book.
当我们想要强调Tom买的东西不是别的，而是一本书的时候，就可以借助 it-分裂句，对句子的宾语进行强调：
It is a book that Tom has bought.
原来的一个分句构成的简单句，现在分裂成了二个分句构成的主从复合句。原来的宾语在分裂句的主句中做了确认性表语。主句的主语是一个虚义的it。it 的意义由that分句予以明确，即that分句是一个限制性关系分句。但that的先行词并不是book，而是 it。很多人误以为that从句是修饰book的，这是错误的理解。如果没有that分句，it 指什么是不得而知的。有了that分句的限制，我们就知道 it 就是has bought的宾语，即Tom买的东西。所以这个句子其实类似于：
The thing that Tom has bought is a book. 由于the thing that=what，所以，句子也可以写为：
What Tom has bought is a book. 这样，我们就得到了所谓的“假拟分裂句”。所以，假拟分裂句和 it-分裂句都可以对一个名词进行强调，其作用是类似的。现在我们回到非强调的句子：
Tom has bought a book.
这个句子陈述一个发生过的事实，不含情态意义，所以无需情态动词。现在我们假设说话人并不能肯定事实就是如此，而是推测这可能是事实。此时就需要情态动词来表示推测意义，得到下面的句子：
Tom may have bought a book.
如果我们已经知道Tom肯定买了某个东西，只是不能完全确定是不是书，但倾向于认为他买的可能就是说，即推测的重点在买的东西上，而买这个动作是无需推测的。此时推测意义的情态动词用在主句中：
It may be a book that Tom has bought. 即：
What Tom has bought may be a book.
如果我们知道Tom想买的东西是书，但究竟买了没有都不能肯定，只是推测他可能买了，这样的话，推测意义的情态动词就用作that从句中：
It is a book that Tom may have bought. 即：
What Tom may have bought is a book.
所以，It may be a book that Tom has bought. 和 It is a book that Tom may have bought. 二个句子之间还是有细微差别的。
我只是用一个简单的句子举例说明情态动词用在分裂句的主句和从句中可能导致意义上的细微差别。这种分析是基于自己对分裂句和情态动词的理解，仅供参考。Aaron老师可以用这种方法试试能否解释您的句子助动词用在主句和从句也导致类似意义的差别。
