It will be five years since he left Beijing. 

这个句子主句并不是一般将来时，而是will表示推测。推测的是现在而不是将来。比如我知道Tom现在在家，无需推测，我就用一般现在时，不用情态动词：Tom is at home now. 如果我不是百分之百肯定，但我认为他大概率现在是在家的，我就用will表示较为肯定的推测：Tom will be at home now. 这个句子就不能认为是一般将来时。你的句子就是这种类型，如果用It is five years... 说话人认为自己在陈述事实。用it will be five years则说话人倾向于认为自己推测的情况接近事实。由于句子表示的是现在的情况，不是将来的情况，所以不能用be going to do结构。这个结构是表示将来的。