就网友的句子来说，你的两种改写方式都是可以接受的。

正：When you take notes, just write down the key words, such as names, dates, and numbers.

正：When you are taking notes, just write down the key words, such as names, dates, and numbers.

至于 when doing sth 变成从句时如何确定从句的时态：在通常情况下，网友提到的两种方式都可以。又如：

Don’t talk when eating. =Don’t take when you are eating. 吃饭时不要讲话。

When taking photographs indoors (=When you take / are taking photographs indoors), use a flash for illumination. (D127) 在室内拍照时，使用闪光灯照明。

但在某些特定语境中，可以有用其中的一种方式比用另一种方式更合适。比如下面的句子就宜用一般时态（而不是进行时态）：

When hunting (=when you hunt) ducks he always uses a call. 他猎鸭子时总用哨子。

When approving (=When they approve) a merger, the commission can attach conditions. 委员会在批准公司合并的时候可以附加条件。

二个句子都可以。但由于你用的时态不同，二个句子之间有差异。when从句用一般现在时，从句和主句都是习惯意义，并不是表示具体某一次动作。when从句用现在进行时，则表示你具体某一次在记笔记的时候，你应该如何做。主句的动作都是发生在are taking notes的过程中，所以从句用进行体。正因为二个时态都可以用，但是意义上却有区别，你用When taking notes岂不是很方便，让你免去了时态选择之苦？既然你对时态的选择不很确定，就不要用从句，用分词+连词就应该是你扬长避短的选择，为什么要反其道而行之呢？