what可以是疑问代词，也可以是疑问限定词。在What is this?中，what是疑问代词，疑问代词在句子中作主语、宾语、表语。在 What book did you buy?中，which是疑问限定词，限定名词（传统语法则把这个what分析为形容词，修饰名词作定语）。所以，你的句子中what作为限定词，限定名词research，意为什么研究。（你可以可以认为what是形容词，作research的定语）。在  what research they think is the best to pursue 是一个名词性疑问分句，作介词as to的宾语。这个疑问分句是一个嵌入式疑问分句。所谓嵌入式疑问分句，是指疑问词所在的分句（即what research is the best to pursue ) 是另一个分句（即they think)的分句成分（通常是宾语）。即这个名词性从句的主谓结构是they think, what research is the best to pursue是think的宾语从句。