这是一个小对话，所以要根据对话的上下文理解。

甲：Where have they gone？他们到哪里去了？

乙：To Florida，again.又去佛罗里达了。

甲：How many times have they been there?他们到那里去了多少次？

乙：This is their third visit.这是第三次了。

你说的没错，have been there表示“去过那里（佛罗里达）现已回来”的意思，也就是说“去过两次都已回来了”，但并不包括这一次（第三次）。乙方是用的简略回答，所以你产生了误解，如果用完整的回答你就清楚了。即：

They have been there twice.他们去过那儿两次。This time they have gone there again.这次他们又去那儿了。This is their third visit.这是第三次了。

▲另外补充一点常识：

当主语是第一或第二人称时，have gone to 也可以表示“到过某地（现已回来）”的意义。费致德《现代英语惯用法词典》（P.426）就有如下说明：

Have you ever gone (或been) to New York? 用于问人是否去过，是否有此经历。在口语里，答语常用的形式如下：

Yes, I have (gone there). I went last year.

I have already gone there.

I have gone there twice.

No, I have never been (gone) there.