首先，明确这两句话的意思：

我身上的所有优点都归功于书。

最关键的是了解owe的重要义项：把……归功于，通常与to搭配。

如I owe my success to my team. 我（把我）的成功归功于我的团队。

我们先看第二个句子：

I owe everything (that is good in me) to books.

分析句子成分，主干是：I owe everything to books，我把一切归功于书。括号内为定语从句，修饰everything。句子意思：我把我身上所有好的东西都归功于书。

再看第一个句子：

It is to books that I owe everything (that is good in me).

这是一个以“It is ... that”为标志的强调句，It is ... that只起“强调符号”的作用。可以看到，相比上句，这句只把“to books”套在强调句型中表示强调。如果题主了解强调句，就很容易理解。可译为：书籍，正是我身上所有优点归功的对象。

同样：

It is books that I owe everything (that is good in me) to. 

强调books，将介词to保留在原句中。干扰理解的，可能就是句中的定语从句。

owe ... to ... 把……归功于……，类比：give ... to ... 把……给……。其他详细用法，可以参考词典。