既然问到了细微区别，就要追本溯源，从on、to的核心涵义入手（关于介词核心涵义的理解，可以搜索我以前的答疑帖），真正理解其实质，而不是抽象的概念或文字。比如，无论给to起个什么语法称谓，to的实质都是“朝......而去（未抵达）”

当你重点是强调位置（position）的时候--where they are，用on：

I put the book on the desk.

当你重点是强调目的地（destination---朝......而去）的时候 -- where they are going，用onto：

I put the book onto the desk.

换句话说，你想到的是position，你就用on，你想到的是movement，你就用onto，就这么简单。稍微要注意的是，如果是用作adverb，就只能用on，不能onto。

以上的区别，同样适用于in和into。

至于upon，它和on完全可以互用，不过因为它比较正式，所以不是搞文学创作，可以忘掉它。多数靠谱的外教也会告诉你，要少用、慎用upon。因为upon只起个literary effect的作用。不过，有两种情况属于例外，我们用upon比较多：

1）强调某物数量众多，比如：

mile upon mile of grassy steppes；

thousands upon thousands of boxes；

row upon row of seats；

2）用于习惯用语（idiom）之中

once upon a time （只能用upon）；

如果将来的事很快就会发生，很快就会来临，你可以用sth upon sb:

The winter season is almost upon us agian.

所以我的建议就是，要想搞清细微的区别，不宜再去触碰无操作性的枯燥概念，否则，你概念术语学了一大堆，但不知如何运用。希望对你有所启迪。