If you had not gone today, I should have gone tomorrow.

首先，这个条件句是虚拟条件句，主句和从句的谓语形式都是虚拟语气。虚拟条件句的主句都是在假设的基础上的推理，主句标准的情态动词是用would。英式英语在主语为第一人称时，可用should，与would同义。至于情态动词表示何种语义，需要根据具体上下文确定。could可以表示可能性或能力，would可以表示意愿，should还可以表示义务、责任，might可以表示可能性或允许等。

语法书在讲解虚拟条件句主句的动词形式时，指提到would have done表示与过去事实相反。其实这只是最常用的形式，并非所有可能的形式。如果主句有一个确定的将来时间状语，would be doing或would have done就不再是表示现在或过去，而是表示将来某个时间正发生或已经发生过的事情（基于虚拟条件的推理）。

例如：你有一个任务必须在明天下班以前完成。你的一个同事帮了你，你们二人一起干，今天就完成了任务。此时你说，即使你不帮我，我明天下班前也是能完成任务的。注意说话时帮你是过去的动作了，你明天能完成任务是将来的事。注意下面句子的谓语形式：

If you had not helped me, I would have finished the job (by 5 pm ) tomorrow.

if 引导的不是条件状语，而是让步状语（带有条件意味）。

这个句子和你的故事中的句子结构是一样的。tomorrow 这个状语决定了would have done不是表示过去时间，而是将来时间。

语法书没有讲授类似的虚拟语气用法，但你完全可以根据语法原则理解这样的句子。