不要简单问题复杂化了。其实，你只要真正搞清的是I think 和 I thought这两个“想”的区别就ok了，其余只不过是“想”的时间不同而已（仅仅只是时态不同而已）：

I think：

我想-->我的一个看法、一个观点等等；

I thought：

我以为--->过去你有个想法，但情况好像不是你想的那样

--->暗示你说话的时候，已经changed your mind.

I had thought: 

我以为--->过去你有个想法，但情况好像不是你想的那样

--->暗示在你说话之前，已经changed your mind.

关键知识点：过去发生两件事要强调先后的话，先发生的用过完（had thought），后发生的用般过（did）

至于你提到的 would have thought，这个根本就不涉及到虚拟语气，或者说是否虚拟语气根本就不是重点。因为 I/you would have thought (that) 是英式英语中常用的一个idiom（习惯用语） ，没有人会去分析idiom，就如同习惯用语 pull one's leg，你知道它是开某人玩笑的意思就好了，不用也没必要去分析为什么开玩笑是拖大腿，而不是拖手臂。即使拖大腿，人都有两条腿，你为什么只拖一条？

当你想谈论某件你觉得应该会发生，而实际上没有发生的事，或者某件事明明是假的，但是你希望它是真诸如此类的事情（与你想的不一样），你就可以用这条idiom，也可以用would think，二者的意思是一样的：

I would think

= I would have thought

= I should think

= I should have thought

定力不够的话，闭门造车的纯语法研究很容易让人走火入魔，希望对你有所启迪。