You think this letter could come from Tom.  主语+谓语动词+宾语从句

Do you think this letter could come from Tom? 一般疑问句（部分倒装），仍然是主语+谓语动词+宾语从句

Whom do you think this letter could come from? 特殊疑问句，疑问词前置于句首，主句部分倒装，仍然是主语+谓语动词+宾语从句。

哪里有插入语？

插入语是独立成分，前后用逗号和句子其他部分分隔开。去掉插入语，不影响句子结构和语义的完整。可是你最后一个特殊问句去掉do you think后，还是结构完整的 特殊问句吗？

Whom this letter could come from?

否！！！

所以这里根本没有插入语。有的语法书认为这个问句中的do you think是插入语，这是错误的，是对插入语的误解。

现代语法称这种问句为嵌入式特殊问句，即疑问词不是主句的成份，而是宾语从句的成分。即疑问词所在的分句 this letter could come from whom，嵌入另一个分句do you think中，在该分句作一个分句成分（宾语从句），所以这种疑问句称为“嵌入式疑问句”。