as if从句省略了和主句相同的主语以及动词be. 所以等于：

As if it is in keeping with the sadness of departure, the weather had turned gloomy.

be in keeping with 为习语。你为什么要改动习语呢？要纠正动不动就想改动原句这个不良习惯，这影响你理解正确的英语结构。

至于这个句子为什么用过去完成时而没有用一般过去时，是因为你读句子只看到树木，无视森林。如果仅仅是这一个句子，你用任何时态都是可以的。但这个句子在一个语境中，与前后的句子之间有逻辑联系，天气变得阴暗这个动作并不是发生在故事讲到这个地方的时候，而是在此之前就已经发生过了。所以用过去完成时。你去找原文，看看这个句子前面的几句话，你就会明白这个句子为什么要用过去完成时了。你的教训应该是：在一个语境中理解时态的应用，而不是孤立的看待时态的应用。