B shall not apply for intellectual property rights by making use of learning about the commercial secretes of A  it has learnt to any extent.

划线部分为定语从句。先行词是 the commercial secretes of A  （A方的商业秘密）。

it 是人称代词，指代B方。关系代词that 因为作 has learnt 的宾语，被省略。it 换成 that 没有道理。

【翻译】B 方不得利用其已知悉的A 方商业秘密来申请知识产权。