We are searching within this five mile radius.

【翻译】我们正在方圆五英里的范围内搜索。

radius 是个单数可数名词，意思是“半径”，前面有 this 修饰。名词词组 five mile 作定语，原则用连字符，mile 不用复数，即：five-mile ，但现代英语比较随便，可以不加。例如：

He collapsed at the end of the five mile race.
他跑完五英里赛跑就瘫倒了。

You are on top of wherever it is they are keeping her.

句子结构没有错误。我怀疑原翻译是否正确。这里 on top of 是比喻用法，意思是“掌控；熟悉；了如指掌”。不是“在上面；在附近”。

正如网友理解的那样，of 后面是一个强调句，省略了 that。wherever 是融合性关系副词引导的名词性从句，作 of 的宾语。wherever = any place where 。删去强调部分 it is ... (that)后，是这个样子：

You are on top of wherever they are keeping her. =

You are on top of any place where they are keeping her.

【翻译】不管他们把她关在哪里，你都能找到她。

我举一个类似的例句：

I am thinking of whatever it is (that) you want.