我先把句子翻译出来：

A sample of a substance is a small amount of it that is examined and analysed scientifically.
某种物质的样品是（经过科学检验和分析的）少量物质。

从定义的对应来看，a small amount of 对应 A sample of；it 对应 a substance。在 A sample of a substance 中，of 确实含有“整体和部分的关系”，即：A sample 是 a substance 的一部分。根据对应关系，既然主语是“整体和部分关系”，那么，表语也应该是这层关系。毕竟，a small amount 是名词，不是限定词。我们在理解时，往往把这个词组 a small amount of 整体看作限定词，这只是权宜之计。其实，只用 of it 作定语，才反映了真正的修饰关系。意为：“某种物质的少许”。所以我同意网友的看法。