第一个问题：

这三个句子为什么没有被动的意味？桌子能“主动”让灰尘覆盖吗？书架会自己给自己涂油漆吗？他们会“主动”地迎着抵抗而上，主动地冒着敌人的炮火前进？第三句话实际透露出这种抵抗是“不期而遇”的，不属于明知山有虎，偏向虎山行的那种。

第二个问题：

in，with 和by的区别，就是这三个介词本身的区别。比如你说的第一句用in，那是表示“处于......之中”，灰尘厚薄暂且不论，至少桌子没有一块干净（没有蒙上灰尘）的地方--处于灰尘之中。第二句则不是强调书架到处是红色，而只是说书架涂的是什么材质而已。如果你要强调这个书架到处都是红色油漆，处于红色油漆的“笼罩”之中，那么你用in也是完全没有问题的。

希望对你有所启迪。