's是is的缩写，What's gone with that boy直译是“这孩子怎么了/这孩子怎么回事”。gone是形容词作表语，with that boy是表示“对象”的状语。下面的句子意思相同：

What's wrong with him? 他怎么了？

What's up with him? 他怎么了？

What's gone with him? 他怎么了？

What's the matter with him? 他怎么了？

▲ 在小说中，老太太叫了两声“汤姆”，均没听到回答，所以心里犯嘀咕：“咦？这孩子怎么回事？”，其含义便是：“咦？这孩那里去了？”所以“What's gone with that boy, I wonder? You, Tom!”可意译为：“奇怪，这孩子哪里去了？叫你，汤姆！”