To the couple's great surprise, the house was in a mess as if it had been broken into.

break into的动作是was in a mess这个状态之前发生的动作，只能用过去完成时。此时，陈述语气形式和虚拟语气形式重叠。你无需为看不出是否虚拟语气而烦恼。从句表示的是否是事实其实是由语境决定的，而不是由动词形式决定的。

另外，状语从句省略主语+be的前提是，省略的be的时间和主句的谓语为同一时间时，可以省略主语+be. 本句中从句谓语had been是主句谓语时间之前的，所以不可以省略。