1，2句是拿特殊疑问句作宾语从句，其连接词就是取“哪个""谁的”意思，所以其本身就是存在疑问的意思。which,whose作为连接代词，用来引导名词性从句，通常保留疑问意思。 
而第3句的what在句中已经失去了疑问意思，意思为“所......的东西/事物”，相当于the thing(s) that/which,所以从意思上就可以看出what you want不是疑问句。
当然what在名词性从句中也可以保留其疑问意思，即在句中翻译为“什么”，例如：
I don't know what she did yesterday.我不知道她昨天做了什么。这里的what就是“什么”的含义，跟1，2句一样属于名词性疑问句。
同理who在名词性从句中也是具有疑问意思的，即在从句中翻译为“谁”。例如：
I don't know who answered the phone then.我不知道当时谁接的电话。
如果没有疑问意思应当用whoever,相当于anyone who,表示“...的任何人，不管谁”，例如：
[1]Whoever is responsible for this will be punished.对此事负有责任的人将受到惩罚。
[2]I'll take whoever wants to go.谁想去我就带谁去。