Having been misunderstood by her boyfriend made her very sad!

这个句子没有问题。

动名词表示的事件发生于谓语时间之前，用动名词完成体为正式语体。非正式语体（日常英语）用动名词一般体代替完成体。所以下面句子表达同一个意思：

Being misunderstood by her boyfriend made her very sad!

但这句子也可以表达经常被男友误解。在一定的上下文中，根据语境可以判断出动名词一般体表示的是过去发生过的事件，还是经常性、习惯性事件。如果没有上下文，而又要表示该事件先于谓语事件，用完成体可以避免误解。