你不能用汉语表达去要求英语的动词变化。

汉语动词是没有形式变化的，如昨天吃，今天吃，明天吃，都是不变的形式“吃”，只是用状语区别动作的时间。英语则不同，动词本身就要时态、语态、语气的变化。He ate an apple. He is eating an apple. He will eat an apple.

所以，在学习情态动词的推测性用法时，老老实实地按照语法书告诉你的去理解、掌握，不要受汉语思维的影响。

wish后接宾语从句表示的都是与事实相反的愿望，要用虚拟语气。通常语法书说，与过去事实相反动词用 had done, 与现在事实相反用did/were, 与将来事实相反用would/could/might do. 这是一个大框架，实际比这复杂。但关键是这里的所谓现在、过去、将来是以谓语动词wish的时间为基础的，与wish 这个动作同时的时间为现在，先于wish这个动作为过去，后于wish这个动作为将来。这才是正确的理解。基于这种理解，wish和wished后的虚拟语气就好理解了。

I wish I hadn't said that.

I wished I hadn't said that.

这二句话都是我说了不该说的话之后的懊悔，都希望过去发生过的没发生，所以宾语从句的谓语形式是相同的。

I wish she were with me. 她现在没和我在一起，我现在希望在一起。

I wished she were with me. 她当时没和我在一起，我当时希望在一起。

在一起的时间和wish的时间相同，从句用did/were。

你原来对现在、过去、将来的意义理解有误，导致了你的疑惑。但这不全怪你，是语法书没有解释清楚。