Everything I had heard about him was true.

你的问题是about him是什么成分。你必须清楚，主句是Everything was true. 定语从句为that I had heard about him. about him是定语从句中的成分，它不可以也不允许修饰主句中的everything，修饰everything的是定语从句。虽然关系代词在意义上指代everything，但在语法上，about修饰的是关系代词that，而不是主句中的主语everything。这在你上一个问题中我已经说得很清楚了，你非得让我重复一遍。你看不懂我写的中文，还是不清楚定语从句结构？

所以这个句子中不存在你所说的第二层次。about him只修饰that。