这是一个省略了主句的原因状语从句。在强调原因时，because 从句可以省略主句而单独使用。你的这个句子只不过是在 because you will run away at once 这个原因状语从句中又插入了一个时间状语从句 when you know the true reason。再给你举一个相似的例子：

— Why won't you let me go home? 你为什么不让我回家？

— Because when the teacher left, he told me that you’d have to stay and clean up. 因为老师走的时候叮嘱我说你得留下来打扫卫生。