肯定不能说 I will fly to see you over 了。

你说的 fly over 中的 over 是副词，没错。估计你是把“动词+over“类短语动词后接名词作宾语可放在 over 之前或之后的用弄混了。你的句子中的 to see you 并不是fly over的宾语，而是状语。

至于 The man is seeing the woman off，则完全可以说成 The man is seeing off the woman，因为 see off 中的 off 为副词，它的宾语 the woman 可以放在 off 之前或之后（如果换成代词，则只能放在 off 之前）。