从语法角度来说：

1) My favorite fruit is an apple.  OK

2) My favorite fruit is apples. Ok

3) My favorite fruit is apple. Ok

从日常使用来说：

以上第3句会有歧义。一般而言，apple单独出现，前面没有冠词，更多地是用来表示苹果口味，而不是表示苹果。要表示苹果，第3句适宜写成My favorite fruit is the/an apple.

而实际上，上面三句的表达听在英美人士耳中都会有点怪怪的，同样的意思，他们多半会用更明确的方式来表达：Apples are my favorite food.

这也是英美人士和中国学子面对英语比较“棘手问题”的不同处理方式：老外牢记语言是用来交流的，不是用来考对方水平的，所以遇到容易引起歧义的问题，他们会改变表达方式（参加我上面说的例句）；而中国学子确喜欢“迎难而上”，越是容易引起歧义的问题，越是想花时间精力去分析去辨别，而忘记了语言的真正目的。

有时，不能太讲理。了解最自然用法就行。比如以后就用Apples are my favorite fruit.

为什么不能太较真，看个例子。

1) My favorite fruit is apple.  母语者表示这种表达很不自然。

2) My favorite fruit is pineapple. 母语者表示这种表达非常自然。